Ziel des Biologieunterrichts am Apian-Gymnasium ist es, einen im wahrsten Sinne des Wortes lebendigen Unterricht zum Anfassen und Begreifen der Natur zu bieten. Hierzu wurden schon einige Unterrichtsmodule im Rahmen von "Center of Excellence" im Internet veröffentlicht.
Zudem wird im Unterricht Wert auf das Verständnis der Natur und der Vorgänge darin gelegt. Hierzu gehört es, Basiskonzepte - Prinzipien biologischer Sachverhalte - zu verdeutlichen und eine immanente und gründliche Grundwissensvermittlung. Dass dies Früchte trägt, sieht man an dem durchgehend sehr gutem Abschneiden der SchülerInnen in der Abiturprüfung Biologie verglichen mit dem Landesdurchschnitt.
Im Profilbereich der Oberstufe können die Schülerinnen und Schüler der 11. Jahrgangsstufe des Apian-Gymnasiums das biologisch-chemische Praktikum (BCP) belegen.
Dieses setzt sich im Bereich der Chemie mit der Isolierung, der Identifizierung, der quantitativen Bestimmung und der Synthese von Stoffen auseinander und behandelt dabei auch die Bedeutung des exakten und sicherheitsgerechten Arbeitens.
Im Bereich der Biologie werden grundlegende mikroskopische Arbeitstechniken vermittelt und ökologische sowie physiologische Untersuchungen durchgeführt.
Neben diesem sehr abwechslungsreichen und anschaulichen Biologie-Unterricht bietet das Apian-Gymnasium noch einige weitere Aktivitäten und Besonderheiten: